El Monasterio de San Prudencio está ubicado en una hondonada del monte que le da su nombre, el Monte Laturce, entre las localidades de Clavijo y Leza de Río Leza, en un paraje inhóspito y agreste, que en la actualidad alberga las ruinas de una primitiva Iglesia de finales del Siglo XII, de tipo cisterciense; las de otra posterior del siglo XVII y las de un enorme caserío que las rodeaba, las cuales van destruyéndose día a día por las condiciones meteorológicas.

Lorenzo Merino Barragán, en su obra "Perfiles Jacobeos" cuenta de San prudencio que estando en Osma, enfermó y le dijo a su sobrino Pelayo: "Nuestro Señor Jesucristo sabe donde ha de ser enterrado mi cuerpo; cuando muera es su voluntad que me coloqueís sobre el mulo y él irá al sitio donde debo ser sepultado. Esta es la voluntad de Dios" . Su cadáver fue colocado sobre el mulo seguido del Obispo de Tarazona y vecinos, hasta que llegó a la falda meridional de Monte Laturce, a un cuarto de legua de Clavijo, parándose en la boca de una cueva. Según parece, se trataba de la primera cueva que el Santo pasó de anacoreta. Añade que "Pelayo y sus compañeros dieron sepultura a San Prudencio… y se organizaron en comunidad monástica… adoptando la regla de San Agustín… sobre aquella humilde sepultura levantaron una pequeña Iglesia con su reducido cenobio. La Iglesia tomó el nombre de San Vicente mártir. Al recibir de la Iglesia el santo Obispo los honores de los altares, tanto la Iglesia en que estaba el sepulcro, como el cenobio, recibieron el nombre del Santo: Iglesia de San prudencio y Cenobio o Monasterio de San Prudencio".
Francisco Javier García Turza, en su obra "Documentación medieval del Monasterio de San Prudencio de Monte Laturce (siglos X-XV) (1992), indica que el nacimiento del Monasterio "…probablemente tuvo lugar hacia 925, hasta el año 950, en el que la congregación pasa a depender del cenobio de San Martín de Albelda" . La ubicación del Monasterio, eminentemente fronteriza, hace que quede expuesto a cualquier avance musulmán. Esta situación -añade García Turza- propicia un ambiente de inseguridad, que se traduce en pobreza y abandono. Los monjes buscan la protección en el Monasterio de San Martín de Albelda.

En el siglo XII los monjes de San Prudencio adoptan la Regla del Císter, levantando un amplio Monasterio que es conocido con el nombre de Monasterio de los PP. Bernardos.

El Monasterio, con el paso de los siglos fue restaurándose y nada queda en pie de su primitiva construcción. En el siglo XII-XIII se construyó nuevamente la Iglesia de la que queda en la actualidad en parte su puerta en arco abocinado, cubierta de escombros.

En el siglo XVII se construyó otra Iglesia sobre ésta, que quedó como cripta de ella.

En cuanto al número de monjes que lo habitaba, varía según los tiempos. En sus orígenes eran sólo los canónigos que acompañaron el cadáver del Santo, una media docena. Después crece el número, dado que el Monasterio de Monte Laturce atiende las Casas filiales de San Bartolomé de Tudelilla y de Villanueva de San Prudencio. En una carta autógrafa del Archivo Parroquial de Clavijo del P. Fray Martín Taboada, fechada en San prudencio el 29 de octubre de 1767, consta que había 28 monjes. En los Redess de la Archicofradía de Santiago aparecen listas de los hermanos de "El Real Monasterio de San prudencio… Orden de San Bernardo" que oscilan alrededor de 20 monjes durante los siglos XVII y XVIII.

Entre los escombros del Monasterio de San prudencio se encontraron varias tablas con sentencias religiosas o recordatorias de los hechos más notables de la Comunidad. En una de ellas decía:

"Entra con sumo silencio
Porque en ella está enterrado
Félix, Funes y Prudencio"

Estas reliquias se encuentran depositadas hoy en Logroño, en la Catedral de Santa María La Redonda, bajo el altar de la Milagrosa.

Francisco Javier García Turza señala que en 1181, el señor de los Cameros, Diego Jiménez, pone a San Prudencio bajo la observancia cisterciense, que acababa de entrar en la Península con fuerza imparable. A partir de ese momento, los patronos procurarán la independencia del Monasterio, entregando a los monjes sus propias posesiones, hasta lograr su total autonomía en 1203, que mantendrán hasta el siglo XIX.