El Castillo está ubicado en el término de Clavijo (La Rioja), hoy en estado semiderruído, el cual se halla en el paraje denominado "Castillo", ocupando una superficie de 1.000 metros cuadrados, de los cuales 200 metros se hallan edificados y 800 metros cuadrados descubiertos. Está constituído por una muralla de unos 85 metros de largo por 1,50 metros de grueso, en la que existen cuatro torreones o cubos, siendo sus linderos por la derecha, izquierda y fondo, con terrenos eriales propiedad del municipio de radicación.
En la actualidad se mantiene en pie del Castillo, una muralla que defendía la parte que mira al pueblo, el único lado accesible a la roca sobre la que asiente -señala Cesáreo Goicoechea en su Redes "Castillos de La Rioja"- y añade que "la mellada sierra de sus almenas corre a lo largo de todo el muro. Los desmochados cubos de los revellines que cubren la amurallada cortina y la gran torre todavía dan cierta solemnidad a los restos de lo que debió ser inexpugnable fortaleza".

El Castillo de Clavijo, según los expertos, parece ser obra del siglo XI. Algunos historiadores lo hacen coetáneo del primitivo Monasterio de San Prudencio, el cual ya existía como tal en la era del 988 (año 960). Sin embargo, Lorenzo Merino Barragán, quien fuera cura de Clavijo, dice en su obra "Perfiles Jacobeos" (editada en 1954), que antes de esa época ya existía el primitivo Castillo en el lugar denominado "Castillo antiguo", al que sustituyó el actual. En los documentos del Solar de Valdeosera ya se menciona dicho castillo que fue tomado en la Batalla de Clavijo con la protección del Apóstol Santiago por don Sancho Fernández de Tejada con sus mesnadas; "arrancó -dice- de su más alta almena la enseña de la media luna y colocó en su lugar la bandera de la Cruz de Pelayo".

En la era de 988 (a. 960), el Conde Fernán González, cogido por sorpresa en Cirueña por el Rey de Navarra, don García Sánchez, fue llevado preso primeramente a Pamplona y después al Castillo de Clavijo, de donde más tarde se le trasladó al castillo de Tobía.
 

En el catálogo del Abad Mirón de Albelda -según relata Cesáreo Goicoechea en su obra "Castillos de La Rioja"- formado en tiempos del Obispo de Calahorra, D. Pedro, figura que el Rey Don Sancho el Mayor de Pamplona, donó en el 1033 el castillo de Clavijo al Monasterio de San Martín de Albelda. En la escritura de donación del patronato de Santa Columba, hecha por el Rey D. García a su esposa Dña. Estefanía en 1046, aparece como testigo un Eneco López, señor de Clavijo. Otro señor de dicha plaza es Fortunio López de Lilli (año 1048). Nuevamente hay constancia de otro gobernador o teniente del Castillo de Clavijo <<senior fortunio iohannes dominator clavilio>>, en una escritura del 1074 del Becerro de Valvanera. Según el documento fundacional del solar de Valdeosera, el señorío de Clavijo estaba vinculado en Sancho Tejada y sus descendientes.

En la colección privada del Archivo de Simancas, núm. 21, tomo VI, aparece un texto en el que se confirma la existencia de un Castillo, anterior al actual, en el término conocido como "Castillo antiguo". Es decir, en el año 1033 existían dos Castillos de Clavijo: el antiguo o primero, y el segundo o actual, que se construiría para sustituir al anterior destruído en parte por las guerras y que protegía al Monasterio.
Y enseguida otra donación hecha por Dña. Urraca Iñiguez de aquel su Castillo de Clavijo con sus tierras, viñas y lagar con entradas, salidas enteramente en aquella mi proporción y doy una casa con sus heredades. Todo para que por vuestras oraciones…a San Prudencio. Era de 1124 (a. 1085).

En 1177 el Castillo de Clavijo es reclamado junto a otras fortalezas por el Rey de Navarra, D. Sancho VII, en virtud del compromiso concertado el año anterior con Alfonso VIII de Castilla. El 12 de febrero de 1285 el Rey D. Sancho IV confirmaba el privilegio que él mismo había concedido, siendo infante, por el cual donaba el Castillo de Clavijo con la mampuesta y la villa de ese mismo lugar al Consejo y vecinos de Logroño "para mío seruiçio que me fezieron en cobrar e ganar el castillo de Clavijo que tenie don Johan Alfonso de Faro e punnana en me deseruir quanto podie con él" (Archivo Municipal de Logroño, sig. 1-13).

En el archivo parroquial -indica Lorenzo Merino Barragán en su obra "Perfiles Jacobeos" (año 1954)- existe un extenso manuscrito que empieza así: " Pieza corriente. Enlegajo 46; Resumen del pleito que sigue la Villa de Clavijo con el Monasterio de San Prudencio, Orden de San Bernardo para que éste no goce de los aprovechamientos de pastos, monte, aguas y otros derechos en el término de dicha villa, con motivo de Real cédula de 22 de diciembre de 1766, con insercción del Auto acordado del Consejo Pleno de 5 de diciembre de dicho año, formado a consecuencia de la Real Cédula de 11 de septiembre de 1764" , en el que se recoge la compulsa de una Carta de donación hecha por el Rey D. Sancho y su mujer Dña. Placencia en la era de 1112 (a. 1074) en el Monasterio de Santa María de Nájera a Dña. Urraca Iñiguez del Castillo de Clavijo y una heredad de D. Juan, presbítero; casas, viñas y entradas; hierba, agua y demás pertenencias.

En 1311, por privilegio dado en Burgos, el Rey D. Fernando concedía al Cabildo de los canónigos de San Martín de Albelda los lugares de Palazuelo y Bueyo, con todos sus derechos " salvo los que se siguen que son para la tenencia de nuestro castillo de Clavijo; en sus Palaciolos por Casinioja y la mampuesta ochenta y cinco maravedíes desta moneda nueva que nos mandamos labrar a diez dineros el maravedí y más 22 maravedís y medio al adelantado que fuese por nos en castiella y para la tenencia del sobredicho Castillo ocho cazuelos de trigo y cuatro de cebada de la medida de Logroño" . Todo ello no obstante haber expedido el mismo Rey anteriormente, por error, privilegio de donación a Adam de Andosiella de los dichos lugares de Palazuelos y Bueyo (Memorias de D. Fernando IV de Castilla, tomo II, págs. 781-782).

En 1396, Diego López de Zúñiga, Justicia Mayor del Rey de Castilla -según se recoge en el Redes "Castillos y fortalezas de La Rioja" de José Gabriel Moya Valgañón y otros- dio a su hijo Iñigo, casado con Juana, hija bastarda del Rey de Navarra Carlos III el Noble, cuatro aldeas en el Obispado de Calahorra: Clavijo, Baños, Huércanos y Bobadilla, como regalo de bodas.

En 1440, Juan II de Castilla concedió las tenencias de las fortalezas de Alfaro y Clavijo a Juan de Luna, hijo de Juan Hurtado de Mendoza que fue merino mayor del Reino y sobrino de D. Alvaro de Luna, Condestable de Castilla.

En 1476, D. Pedro de Zúñiga, hijo mayor de Diego López de Zúñiga, señor de Clavijo, vendía la villa y castillo (con otros lugares) a los Condes de Aguilar, señores de Cameros (Angel Casimiro de Govantes. Diccionario Geográfico-histórico de La Rioja 1846, pág. 60), por 400.000 maravedís.

Tras la conquista de Viguera y Nájera por los pamploneses y leoneses, la fortaleza debió perder su operatividad original que era defender la frontera o el valle, por lo que Sancho III la donó al Monasterio de San Martín de Albelda.

Cuando La Rioja fue incorporada a Castilla, volvió a cobrar de nuevo el protagonismo inicial, al convertirse en zona fronteriza con Navarra y Aragón.