En el origen de su nombre hay diversas opiniones. Para José María Ruiz Galarreta, Albelda deriva del árabe Albaida y éste a su vez del nombre romano "Alba", "la blanca", que puede proceder de la blancura de sus construcciones blanqueadas con cal y yeso, muy abundantes en su término. Para Steiger, Albelda es alteración fonética de "Albaida" llamada así por Muza a mediados del siglo IX y que significa la blanca. Para Asin Palacios, significa "la villa" y para Abalos Bustamante, que la interpreta como Al (e) - Alde, significa "junto al árbol". Parecen más probables las teorías que la identifican con "Alba" o "blanca" pero todavía desconocemos a ciencia cierta los orígenes de su fundación.

En el lugar llamado "Las Tapias", a un kilómetro al norte de Albelda en dirección a Alberite, Blas de Taracena encontró en 1927 una capilla visigótica del siglo VII con enterramientos en rededor, un edificio con planta de cruz griega, tejas romanas, y una pila bautismal; en 1979 las excavaciones dirigidas por Urbano Espinosa sacaron a la luz un sarcófago y capilla visigóticas.

Las primeras menciones documentales de Albelda nos las proporcionan el Cronicón Albeldense y de Sebastián de Salamanca y las crónicas árabes. El Cronicón Albeldense dice:

"Albelda fue fundada en el siglo IX por Muza, rey árabe poderosísimo de Zaragoza, quien la bautizó con el nombre de Albaida "Alba o blanca". Era muy fuerte y hermosa, pero su prosperidad fue transitoria ya que el rey de Asturias D. Ordoño I, no aceptaba que una ciudad tan fuerte amenazase sus estados de la antigua y primitiva Castilla y Alava, por lo que bajó de las montañas y atravesando parte de La Rioja, que entonces se llamaba Cantabria, dividiendo su ejército; con una parte sitió a Albaida y con otra acometió con tanta decisión y valor en el monte Laturce a Muza y a su innumerable ejército, que la derrotó completamente degollándole diez mil de sus mejores guerreros, sin incluir la plebe o la multitud advenediza, muriendo en la batalla García, yerno de Muza u quedando éste gravemente herido, debiendo su salvación a un jefe del ejército vencedor que le facilitó la fuga. Luego volviendo D. Ordoño sobre Albaida la tomó pasando a cuchillo a todos sus defensores y arrasándola hasta los cimientos".

De las diversas crónicas de la época, se desprende que en Albelda debieron de celebrarse varias batallas entre el año 851 al 859. Según la crónica de Ibn Atir los musulmanes vencieron a Ordoño I en Albelda durante un encarnizado combate hacia el año 851, pero la batalla de mayor importancia ,sin duda, es la que tuvo lugar en el 859, arriba mencionada, y confundida tradicionalmente con la legendaria Batalla de Clavijo en la que el apóstol Santiago se apareció sobre un corcel blanco a Ramiro I. La batalla de Albelda del año 859 debió producirse a consecuencia de la alianza entablada entre el monarca navarro y Ordoño I de Asturias, hecho que decidió a Muza a preparar una campaña contra la capital navarra y brindó al rey asturiano la ocasión de lanzarse sobre la fortaleza de Albelda que Muza había construido.

Mientras Muza sitiaba Pamplona, los ejércitos de Ordoño I llegaron a Albelda obligando a Muza a regresar a marchas forzadas a la localidad riojana que ya estaba cercada. Muza colocó sus huestes en el monte de Laturce, en las cercanías de Clavijo, frente al río Iregua. Ordoño dividió su ejércit0o en dos partes, una para proseguir el sitio de Albelda y otra para atacar a Muza. El rápido ataque cristiano sorprendió a los acampados en el monte Laturce que, sin tiempo a reaccionar hubieron de emprender la huida en desorden. Según la Crónica de Alfonso III, los cristianos decapitaron a unos 12.000 moros y luego continuaron el asedio de la fortaleza de Albelda durante seis días, al cabo de los cuales entraron al asalto, matando a sus defensores y arrasando todo lo que encontraron a su paso. La noticia del aplastante triunfo de Ordoño I sobre los moros, no tardó en extenderse por toda la Península.

Govantes refiere que " desde entonces quedó Albaida reducida a pocas casas, considerada como un arrabal de Viguera ", hasta que el rey de León, Ordoño II y Sancho Garcés I de Navarra, se decidieron a atacar juntos las posesiones de los Banu-Qasi en La Rioja y conquistaron Nájera y Viguera hacia el 920, lo que supuso la incorporación de toda La Rioja Alta a la zona cristiana.

Ambos monarcas se aplicaron inmediatamente a restaurar y fortificar la vida cristiana en la región a base de la creación de monasterios como pilar de la nueva organización religiosa. Así, el 5 de enero del año 924, el rey Sancho fundó el monasterio benedictino de San Martín de Albelda, que estaría llamado a ser el centro cultural de La Rioja en el siglo X. Es posible que fuera erigido sobre un antiguo cenobio del siglo VI o VII. El monasterio conoció su máximo esplendor en los siglos IX y X, llegó a reunir cerca de doscientos frailes benedictinos que disponían de una rica biblioteca y destacaron por su escuela de caligrafía, al igual que los de San Millán de la Cogolla.

La obra suprema del Monasterio es el "Cronicón Albeldense" , escrito por el Monje Vigila, auxiliado por Sarracino y García, entre los años 938 y 976. Utiliza 421 hojas de pergamino escritas en letra visigótica e ilustradas con numerosas imágenes y ornamentación de tipo bizantina. Esta crónica es, en realidad, una historia universal que trata de enlazar a la monarquía asturiana con los reyes godos y los emperadores romanos. El Cronicón se conserva en la biblioteca del Monasterio del Escorial en Madrid y del que se realiza una copia facsímil que no alcanzarán los mil ejemplares uno de los cuales conservará en Ayuntamiento de Albelda de Iregua para su exposición al público a partir del año 2000.

Otra obra reseñable de este monasterio fue la copia del Redes de San Ildefonso sobre la perpetua virginidad de la Virgen, realizada por un tal monje Gomesano, por encargo del prelado francés Goteldasco, que paró en Albelda cuando se dirigía en peregrinación a Santiago de Compostela a fines del siglo X. La comunidad benedictina debió ir en aumento y muchos monjes se vieron obligados a cavar "pequeñas celdillas a manera de bóvedas en la peña de yeso que allí hay, y abriendo en vez de ventanas pequeños agujeros en la pendiente sobre el río Iregua: colmena parece la peña en la espesura y estrechura de las celdillas" para vivir en la peña, al no tener lugar donde cobijarse.

Transcurrieron los siglos XI, XII, XIII y XIV primero como monasterio y después como Colegiata hasta que el 5 de abril de 1435 ésta fue trasladada a la Iglesia de Santa María de La Redonda en Logroño en virtud de la bula del Papa Eugenio IV, quedando en Albelda algunos canónigos.  

La vida del monasterio conoció su fin violentamente cuando el 11 de noviembre de 1683 se produjo un gran desprendimiento de la Peña Salagona que acabó con la construcción, a excepción de la Capilla de Santa Catalina o "La Panera", al pie del corte del cerro del castillo. Tiene un tramo excavado en la roca cubierto con bóveda de cañón, arco triunfal de medio punto y cabecera con cúpula vaida sobre pechinas, al parecer del siglo XVIII.

Albelda figura en el testamento otorgado por la reina Doña Estefanía, viuda de García IV el de Nájera, y junto a Viguera, fue donada por aquella a su hijo Sancho el de Peñalén hacia 1066. Cuando Enrique de Tratamara fue proclamado rey de Castilla en

Calahorra (1366) por sus parciales, recompensó al caballero navarro Juan Ramírez de Arellano, señor de los Cameros, con la entrega de Albelda, entre otras localidades riojanas, por los servicios prestados en la guerra que sostuvo contra su hermanastro Pedro I El Cruel (12 de junio de 1369).

En el censo de población de la Corona de Castilla, realizado en el siglo XVI figura en el artículo de Nájera con 200 vecinos, alrededor de 1.100 habitantes y en el censo de la nueva provincia de Logroño de 1840 con "200 vecinos, 910 almas". Perteneció al partido de Logroño que la división provincial de Carlos III, llevada a cabo por Floridablanca en 1775, incluyó en la provincia de Burgos, donde permaneció hasta que por Real Decreto de 30 de noviembre de 1833 fuera creada la provincia de Logroño.

Albelda es cuna de José Duro del Saz, canónigo magistral de Cuenca, donde falleció en 1738. Entre sus hijos ilustres cabe destacar a los ya reseñados, monje Vigila y monje Gomesano, ilustre copista de códices en el siglo X.

Las fiestas patronales se celebran el 28 de abril en honor a San Prudencio.